EMV 수수료만 내도 소상공인을 비롯한 웬만한 업체에서 받는 카드수수료율보다 훨씬 비싸니까요. 한마디로 적자. 

EMV 수수료는 1.0% 입니다. 0.1%의 10배죠. 
반면 한국의 카드수수료율은 소상공인 기준으로 0.5% 예요. 적자인데 안 들어오는 게 당안하죠. 
이건 절대 카드사를 깔 문제가 아닙니다

그거말고 애플페이관련으로 애플자체적으로 0.05~0.15%가량 떼가는 수수료가 있습니다. EMV수수료와 별개로 이거도 부담된다는거 같던데요

네. 물론 그것도 있는데, 그게 중요한 게 아니라는 거죠. 애플 자체 수수료보다 EMV 수수료가 훨씬 더 크고, EMV 수수료만 받아도 카드사는 적자거든요. 자체 수수료가 없는 구글페이도 끝끝내 안 들어온 이유가 EMV 수수료 때문입니다. 
그리고 이건 자영업자 비율이 세계 최고인 한국의 상황과 그에 따라 카드수수료를 정부가 정하는 것, 그리고 그 결과물로 한국의 카드수수료율이 압도적으로 세계최저가 된 것이 원인이라는 겁니다. 카드사를 욕할 게 아니예요.

예 자꾸 KLCC되면 애플페이 될거라는 쓸데없는 행복회로 돌리는 분들 많은데 0.1%도 내기 싫어하는 애들이 과연 EMV수수료 면제해준다 해도 들여올까 싶거든요. 실제로 선례도 있었고요

그러니까 그 말씀을 지적하는 겁니다. 
0.1%도 내기 싫어해서 안 들어오는 게 아니라, 0.1% 뒤에 있는, 그것보다 10배 가까이 비싼 1.0%짜리 EMV수수료가 훨씬 더 무서워서 안 들어오고 있을 확률이 크거든요. 
EMV 수수료가 사라지면 1.1X%에서 0.1X%로 줄어드는 거니, 들어올 확률은 훨씬 더 높아지죠. 
0.5%짜리 국내 카드사 수수료율로 1.1X% 수수료를 막으려면 무조건 적자가 나지만, EMV 수수료가 사라져 0.1X%가 되면 최소한 적자는 안 나거든요. 

EMV 수수료가 사라지면 들어올 확률이 훨씬 더 높아지고, 충분히 행복회로를 돌릴만 합니다. 물론 그것 말고도 한국 특유의 VAN사 구조라든지 여러 문제가 있어서 쉽지는 않습니다만.