"김 대리...악셀 그거...매크로 많이 쓰는 거 아니에요..."

너무 엑셀 팡션? 사용하지 마세요

엑셀이 구버전이라거나 램 용량이 적다거나 한 거 아닐까요

조건부 서식한번 보세용

파일 용량이 얼마나 되는지 모르지만, 일단 경험상 2010 까지의 엑셀은 시트당 50MB 정도가 넘어가면 사실상 사용불가였고, 2013 부터도 인내심이 많이 필요하긴 했습니다. 물론 50MB가 말이 쉽지, 채우려면 상당히 많은 데이터여야 하긴 합니다만...

만약 저였으면 순수하게 데이터 량의 문제인지 파악하기 위해 자동계산을 끄고 작업해봤을거고,

자동계산 껐을때 전혀 문제 없다면, 보통은 수식중에 과도하게 반복과 다른 셀 참조를 많이하는 수식이 있는지 (특히 수식의 결과를 지정한 셀을 또다른 수식에 활용하는 경우 엑셀은 절대 성능을 향상시킬 수 없습니다. 차라리 수식을 한 셀에 다 몰아 넣어서 결과를 보는게 빠릅니다.), 또는 조건부 서식(이게 정말 부하를 엄청 줍니다)이 필요 이상으로 걸리지 않았는지를 확인합니다. 일반적으로 인덱스-매치는 사실 그렇게 성능을 많이 잡아먹진 않고, VLOOKUP이 좀 문제일 수는 있겠네요. 

요즘 엑셀은 중간중간에 다운되더라고요. 

수식이 들어간 그 엑셀 파일 자체가 내부공유 포맷이 아니라면 파이썬에서 pandas 라이브러리로 데이터프레임화해서 다뤄보시는 것도 추천드려 봅니다. 속도는 훨씬 빠를겁니다.