성능에 차이가 있습니다. 전용 동글쪽이 더 부드럽습니다. 

블루투스쪽은 동글을 꼽지 않아도 블루투스 지원하는 기기면 연결 가능한 장점이 있지요. 

데탑에는 동글끼워두고 태블릿에는 블루투스로 연결해두어서 상황에 따라서 왔다갔다 할 수 도 있습니다. 

동글이 더 좋아요 배터리도 넘사고

초당 통신량이 다른걸로 압니다

다른부분 다 떠나서 그냥 범용성? 편리성? 에서 차이가 납니다.
블투 5.0 사용 제품은 PC던 모바일이던 해당 기기가 블루투스를 지원하면 그냥 바로 연결해서 쓸 수 있지만
2.4G 무선 마우스는 무조건 전용 동글이 필요하고 포트가 없다면 사용 못하거나 추가 확장 기기가 필요하다는 단점이 있죠.(대표적으로 모바일)

다만 블루투스 같은 경우엔 다수의 기기가 연결될 경우(예를들어 무선 이어폰/마우스/키보드 등등) 연결이 불안정해질수도 있어서 한곳에서 고정해서 쓰는 경우라면 그냥 2.4G로 연결해서 쓰는편이 훨 낫습니다.

안정성/딜레이 등에서 RF 2.4Ghz가 넘사벽

2.4GHz는 프로게이머도 사용할 정도로 딜레이가 없다시피 합니다

5Ghz 마우스가 진리입니다 ㅋ